Como venimos afirmando los Reyes Católicos confirman que Colom era un Trastámara al concederle altos cargos como Almirante de Mar Océano, Virrey y Gobernador general de las tierras descubiertas. En este asunto tomó la iniciativa la reina Isabel porque vincula las tierras descubiertas al reino de Castilla. Cuando regresa del primer viaje Colom es recibido con todos los honores en el monasterio de Sant Jeromi de la Murtra (lugar donde convalecía el rey Fernando el Católico de las heridas recibidas tras el atentado de que fue objeto) Al llegar el viajero a su presencia los Reyes se levantan y le conceden un asiento junto a ellos como signo de respeto y familiaridad. Por las calles de Barcelona Colom cabalga entre el Rey y el Príncipe heredero, como prueba de máxima honra y consideración.
Pero Fernando el Católico, sensibilizado por el atentado, empieza a recelar del hijo de su hermanastro Carlos, que podría despertar las simpatías de los numerosos seguidores que tuvo el Príncipe de Viana y generarse otra insurrección en Cataluña como la que hubo en tiempos de su padre el rey Juan II. En justicia el trono de la Corona de Aragón le correspondía a D. Carlos, el Príncipe de Viana, pero murió en circunstancias harto dudosas y el rey Juan II designa a Fernando como su sucesor. El Católico empieza a darse cuenta de los exorbitantes privilegios que se le han concedido al ver que en la organización del segundo viaje trasatlántico Cristóbal Colom se comporta como un casi rey de las Indias. No le agrada que haya organizado una especie de corte y una guardia personal con más de 50 asistentes. Se da cuenta que en la euforia del agasajo le han concedido un escudo de armas que lo coloca al mismo nivel que a ellos con el castillo y el león que son las armas reales. Nunca los hijos bastardos de la realeza habían preocupado, porque se había establecido la sabia decisión de destinarlos a la carrera eclesiástica y así evitar ambiciones sucesorias. Pero Colom ya tiene dos hijos y, precisamente, los ha colocado en la Corte como pajes. Hay que pensar otras opciones, hay que desvincularlo de la familia, de los Trastámara. Y todavía es posible, pues estando ocupado en los viajes trasatlánticos no se podrá enterar de la tramoya que se le puede organizar. Y por otra parte Colom, se puede decir, no fue muy explícito en señalar el lugar de su nacimiento, ya que como corsario de los enemigos de Castilla y de la Corona de Aragón había luchado contra los intereses de esos reinos. Fernando el Católico piensa que se le podría adjudicar una procedencia italiana, ya que hay en sus reinos muchos italianos.
Las primeras providencias que lleva a cabo el rey Fernando son minimizar toda noticia que ensalce la figura de su sobrino bastardo. De esta manera podemos entender el silencio oficial de los estamentos públicos, tan explícitos en dar razón de otros acontecimientos menores, sobre la arribada de Colom a Barcelona para dar la noticia a los Reyes del descubrimiento de tierra hecho en la otra orilla del mar Tenebroso. No hay constancia en ninguna crónica barcelonesa, ni en el Registro de Deliberaciones del Consejo de Ciento, ni en el Libro del Ceremonial, ni en el Diario de la Diputación. Todos estos organismos estaban sometidos a las órdenes del Rey, lo que explica que dicho silencio se guardó por orden expresa del monarca. Por eso ahora tenemos cierta nebulosa del lugar donde Colom fuera recibido por los reyes. Muchos especulan que fue en el Palau Major de Barcelona, residencia de los reyes de la Corona de Aragón. Pero son simples especulaciones de los escritores y pintores del siglo XIX, que es cuando se reivindica la figura de Colom.
El prestigioso cronista de los RR.CC. y divulgador más famoso del descubrimiento de América, Pedro Mártir de Anglería, fue el primero en lanzar la leyenda de que Colom era genovés. Es irónico que esa leyenda no naciera en Italia, sino en España, puesto que la primera vez que Pedro Mártir de Anglería afirma que Colom era ligur es en una carta escrita a don Juan Borromeo desde Barcelona el 14 de mayo de 1493. (Sin embargo, en el Documento Borromeo podemos leer que el mismo Pedro Mártir de Anglería le indica que Colom era nacido en Mallorca) Lo que es sustentado por la mayoría de los escritores que le han sucedido al tener al cronista por una autoridad como historiador. Aunque, a decir verdad, los cronistas y escritores italianos coetáneos de Colom no lo consideran italiano. Sabellico, Foresti de Bérgamo, Albertino, Carboni, Pireli no aprecian a Colom ni genovés ni italiano. Paolo Toscanelli y Serpa Pinto lo suponen portugués. Giacomo Trotto o el mismo Papa Alejandro VI llaman a Cristóbal Colom “dilecto hijo de España”.
El segundo viaje de Colom se hace con mucha expectación por parte de la gente que piensa que volverán cargados de oro y riquezas. Pero al llegar a la isla La Española encuentran el Fuerte Navidad hecho un montón de ruinas y de cadáveres. La gente no se aclimata, las subsistencias no son suficientes, y Diego Colom no las sabe administrar mientras su hermano Cristóbal está haciendo descubrimientos. El malestar y descontento es tal que la gente pasa de la murmuración a la rebelión. Colom manda una remesa de esclavos a la metrópoli para la adquisición de suficientes mantenimientos, que causa una deplorable impresión en la Corte. La reina se opone terminantemente al sistema esclavista de indios. Entonces el propio Cristóbal Colom pide a los reyes un letrado que administre justicia. Es enviado Bobadilla con la secreta orden por parte de Fernando el Católico de traer presos a los hermanos Colom. Los Reyes Católicos, ante el desafuero que supuso encadenar a Colom, lo reciben con todos los honores y sustituyendo fulminantemente a Bobadilla se pone como gobernador a Nicolás Ovando. Colom es repuesto en la plenitud de sus derechos, pero no se le restituye el gobierno. Después de realizar su cuarto viaje a las Indias Cristóbal Colom muere en Valladolid el 21 de mayo de 1506, sin que las crónicas de la ciudad den noticia de la muerte de tan insigne personaje.
El plan de desvincular a Colom de la familia real está saliendo según los planes de Fernando el Católico. Pero, como resultado de la poderosa intervención del Duque de Alba, Fernando el Católico, regente de la Corona de Castilla, accede que Diego Colón, el hijo y heredero de Cristóbal Colón, sea nombrado, además de Almirante, Gobernador (y no Virrey) de las Indias, pero solo “el tiempo que mi merced e voluntad fuere”. Le da el mismo poder y el mismo salario que tenía el comendador Bobadilla. Diego Colom inicia un pleito con la Corona alegando que el cargo le corresponde a perpetuidad. En 1524 el emperador D. Carlos le depone de su cargo de gobernador y Diego Colom interpone una demanda contra la Corona. A su muerte continúa el pleito su viuda, María Álvarez de Toledo, en nombre de su hijo Luis Colón y Toledo. Finalmente, el 28 de junio de 1536 ambas partes se someten a un laudo arbitral, por el que se confirma a perpetuidad el cargo de Almirante de las Indias para los Colón, se suprime el cargo de virrey y de gobernador general de las Indias, se concede el ducado de Veragua y le otorgan rentas de 10.000 ducados anuales.
Hernando Colom, el hijo bastardo de Cristóbal Colom, es legitimado como consecuencia de su designación, junto con su hermano Diego, como paje del príncipe D. Juan y, después de la reina Isabel. Como se rumoreaba que su padre era ligur Hernando Colom marchó a Italia para averiguar los orígenes de su padre y regresó sin encontrar ningún indicio familiar. Y se puso a indagar por las tierras de la Corona de Aragón, pero el 13 de junio de 1523 el emperador Carlos, por razones de Estado, le prohíbe tajantemente que siga con dicha búsqueda.