Había nacido en la ciudad de Huesca el 21 de mayo de 1778, descendiente de las destacadas familias infanzonas aragonesas de los Abarca, Blanque y los Palacin, uno de cuyos miembros, Luis Joaquin Palacin, había sido firmante del “Manifiesto de los Persas” (Documento firmado en Madrid el 12 de abril de 1814, por 69 diputados de tendencia absolutista). Estudió en la Universidad Sertoriana donde se graduó en derecho Civil y Canónico, alcanzó en esta Universidad la Cátedra de Derecho Civil, impartiendo sus enseñanzas desde 1800 a 1804 a la vez que ejercía en el cargo de fiscal general de la curia eclesiástica y beneficiado de la Catedral de Huesca siendo en este último año cuando deja la cátedra al ser nombrado canónigo doctoral de la catedral de Tarazona. Estuvo encarcelado por los franceses en Zaragoza el año 1808, distinguiéndose ya entonces por sus opiniones antiliberales. Cuando el Gobierno desterró al obispo de esa diócesis, el capítulo eligió a Abarca para dirigirla, pero por motivo de sus opiniones, en 1822, durante el “Trienio Liberal”, tuvo que huir a Francia, perseguido por sus actividades antiliberales.. donde permaneció hasta la caída del sistema constitucional.
Al ser restablecido el absolutismo en 1824, el 27 de septiembre, Fernando VII lo nombró obispo de León y seguidamente lo hizo Consejero de Estado, cargo del que sería destituido en 1832 por su connivencia con “Los Apostólicos” (facción ultramontana) y por conspirar con los carlistas tras la caída de su protector, el ministro Calomarde. Fue precisamente Fernando VII quien lo expulsó de la Corte y ordenó el proceso y secuestro de todos sus bienes, actos que transcendieron creando problemas al Estado Español de relaciones con la Santa Sede. Estuvo a partir de ese momento refugiado en su diócesis, pero intervino en el frustrado levantamiento carlista de León en 1833, promoviendo el levantamiento de los “batallones de voluntarios realistas”, que junto con la proclamación de D. Carlos Maria Isidro como Carlos V, por el general Santos Ladrón de Cegama en Tricio ( la Rioja) el 6 de octubre de 1833, fueron los actos precursores del comienzo de la guerra carlista.
Pero como la intención de los “apostólicos” era generalizar la conspiración en todas las provincias para traspasar la corona a las sienes del infante don Carlos Maria Isidro de Borbón viviendo aún Fernando VII, este obispo redactó una carta pastoral dirigida a su diócesis conminando al levantamiento, a la vez que animaba a los obispos españoles a adoptar una posición a favor del pretendiente carlista. En enero de 1833 estalló la revuelta dando el grito en Madrid el coronel Campos, quien al ser descubierto, no dudó en denunciar a los implicados, Este fracaso del levantamiento madrileño desbarató los planes de los ultras, siendo la provincia leonesa la única que secundó la acción alzándose en armas, ocupando la plaza y encarcelando a su gobernador, una intentona golpista que se había realizado bajo los auspicios y protección del obispo.
El requerimiento de la presencia del prelado para responder sobre las acusaciones, forzó a don Joaquin a fugarse trasladándose a Portugal donde se habían refugiado muchos de los protagonistas del frustrado golpe de estado y el mismo don Carlos Maria Isidro con lo que luego sería la corte carlista; en ella, Abarca es nombrado consejero en materia eclesiástica dando origen a un enfrentamiento con la Santa Sede. Tras el pronunciamiento realista de la diócesis de León, y la pastoral que dirige a todo el clero secular y regular, remitió al propio Fernando VII un misiva, a quien exhortaba para que “suspendiese la ejecución de los decretos relativos a la jura de la princesa, rogándole que en todo caso le dispensase de reconocerla como heredera a la corona, porque a falta de hijo varón del mismo D. Fernando VII , él reconocía derecho preferente en el infante D. Carlos Maria Isidro y demás contemplados en la Ley del Sr. D. Felipe V” .
Nombrado por el pretendiente como ministro universal, durante la guerra prestó grandes servicios a la causa de don Carlos, tanto en Inglaterra, como en Francia, donde estuvieron a punto de su detención en 1836, si bien pudo escapar y llegar a Vascongadas. Ese año el papa Gregorio XVI le confirió jurisdicción eclesiástica en la zona carlista sobre los sacerdotes y religiosos incomunicados, por motivos religiosos de sus ordinarios. En ese mismo año, don Carlos como heredero de los duques de Borgoña entregaba su primer nombramiento como “Caballero de la Orden del Toisón de Oro”, a don Joaquin Abarca y Blanque, no obstante, como la dicha no podía ser completa, el 16 de febrero los liberales en el Tribunal Supremo de Justicia iniciaban el proceso y vista de la Causa Criminal formada contra el reverendo obispo de León Don Joaquin Abarca, por delitos de alta sedición y traición contra el señor don Fernando VII, su excelsa hija la reina Isabel II y la Nación, dictando sentencia el 14 de febrero del año siguiente en la cual lo condenaron a muerte en rebeldía, aunque en caso de ser habido tendría que ser oído; circunstancia esta que impugnó el fiscal.
Con la firma del Convenio de Vergara y concluida la guerra civil con la marcha del pretendiente carlista a Francia, don Joaquin Abarca y Blanque se trasladó al convento de Carmelitas descalzos de Lanzo junto a Turin ( Italia) y en ese destierro murió el día 21 de junio de 1844. Su cadáver embalsamado recibió allí sepultura y un familiar hizo que se grabara este epitafio
Certiber, Oscensis, proefuit qui sancte Legioni,
Munimen Regum firmum , illustre, obiit…