En septiembre de 1838 la Reina María Cristina dispuso que en las provincias donde hubiera habido Universidad se formase una Biblioteca pública, con los libros de los conventos suprimidos por la política eclesiástica de Mendizábal en 1835.
En Huesca los conventos suprimidos o exclaustrados fueron numerosos: Nuestra Señora del Carmen Calzado, Orden menor de San Francisco, Predicadores de Santo Domingo, Agustinos Calzados, Agustinos de Loreto, Carmelitas Descalzos, Monasterio de Montearagón... La Sertoriana, que ya había emprendido años atrás alguna diligencia para conformar esta Biblioteca, pidió la colaboración del Ayuntamiento y Diputación, pero esta solicitud no fue atendida. El tiempo pasaba y los libros seguían esperando, guardados por la Sociedad Económica de Amigos del País en el antiguo Convento de la Merced, donde se estableció la Sociedad en 1838 y donde, en uno de sus salones abovedados, celebraba las sesiones (en otras salas algunos socios también impartían lecciones de matemáticas, historia, geografía y taquigrafía gratuitas a los niños). Este gran Convento había sido erigido en Colegio y agregado a la Universidad de Huesca por Gregorio XIII en el siglo XVI, a ella dio alrededor de 40 catedráticos y sus copiosas obras, monedas y libros pasaron también con la desamortización a la recién Biblioteca y al Museo.
En abril de 1843 el Ayuntamiento obligó a la Sertoriana a trasladar, con toda urgencia, los libros custodiados en el Convento de la Merced, pues la sala-librería iba a ser ocupada, al Colegio de San Vicente, donde debería instalarse la Biblioteca Pública, y en donde ya se habían depositado los libros del Colegio de Santiago y de Santa Orosia, entre 1842 y 43. En mayo, concluido este traslado, el Claustro hizo un recuento de todos los libros, ya que temía que faltase alguno, pues había una rotura en la pared de la librería por donde pudieron entrar los soldados acuartelados en el Convento de la Merced, entonces Cuartel Ramiro II.
La Biblioteca, además de albergar los libros de los conventos suprimidos y de los colegios mayores, custodió los papeles de la sacristía de la Capilla del Colegio de San Vicente, trasladados en septiembre de 1845. Recordemos asimismo que la Escuela Oscense guardaba la biblioteca de los jesuitas que le había sido donada por Carlos III.
Como sabemos, la Universidad de Huesca disponía para la enseñanza de los Colegios Mayores y Reales de San Vicente, Santiago y Santa Orosia (donde se impartían repasos oficiales de las Facultades de Teología, Cánones y Medicina) y de las Aulas de Gramática. Los Colegios de San Vicente y Santiago dieron varios rectores a la Universidad. Los tres colegios, aunque se hallaban incorporados a la Universidad de Huesca, administraban sus rentas y gozaban de autonomía económica; cuando fueron suprimidos, sus libros, archivos, muebles, rentas y fincas pasaron a la Sertoriana. Ésta para ayudar a su sostenimiento arrendó las dependencias de los dos pisos de los dos Colegios principales y sus huertos. También fueron traspasados a la Universidad los derechos honoríficos y de patronato de estos colegios, especialmente reseñables los que tenía el Colegio de Santiago sobre el Santuario de San Urbez; en este caso la Sertoriana permitió que el Prior de San Urbez siguiera conservando “la llave del Altar donde estaba depositado en su Santuario el cuerpo de San Urbez”. El Colegio Imperial y Mayor de Santiago pasó al Instituto Provincial cuando se extinguió la Universidad y siguió siendo un establecimiento de enseñanza; mientras que el de San Vicente, aunque paso al Instituto, sirvió como cuartel, casa de huérfanos y obras benéficas durante mucho tiempo.
El 10 de julio de 1844 se constituyó la Comisión Provincial de Monumentos de Huesca, cuya sección de Bibliotecas y Archivos debería encargarse de recoger los códices, manuscritos y documentos que todavía se encontraran en poder de la Amortización.
Suprimida ya la Sertoriana, en mayo de 1846, se terminaron los inventarios de la Biblioteca y del Museo. La Biblioteca contaba con 3.000 volúmenes incompletos, cuyo catálogo remitió la Comisión Provincial de Monumentos de Huesca a la Central. En febrero de 1850 la Comisión de Monumentos entregó la Biblioteca al Director del Instituto, heredero de la Universidad. Dos años después, ambas entidades convinieron en el establecimiento de la Biblioteca Provincial. En 1859 todavía se trasladaron a la misma todos los libros y manuscritos hallados en el Monasterio desamortizado de San Victorián y posteriormente los de Roda de Isábena y San Juan de la Peña.
Los volúmenes que constituyeron esta Biblioteca conforman el fondo más antiguo y primigenio de la actual Biblioteca Pública de Huesca.