Nacido José Francisco en la población altoaragonesa de Capella el dia 4 de febrero de 1721, estudió Latinidad, Artes y Filosofía en la Universidad Sertoriana de Huesca y en ella recibió el grado de Bachiller en Cirugía, demostrando una alta preparación, si bien sintió una vocación a la vida religiosa que le llevó a tomar el hábito de la Compañía de Jesús siendo recibido en la Provincia Jesuítica de Aragón el 8 de marzo de 1745 con el grado de hermano coadjutor temporal en el noviciado de Tarragona, haciendo los últimos votos el 2 de febrero de 1758 en Zaragoza.
Ejerció como enfermero y farmacéutico en varios colegios de la Compañía, alternando sus deberes dentro de la comunidad religiosa con una intensa aplicación a los libros de Medicina y Botánica. En ellos adquirió unas facultades y conocimientos que le hicieron destacar y adquirir cierto renombre, lo que provocaría que el duque de Villahermosa, propulsor de la ilustración aragonesa, se lo llevara a la Corte de Madrid.
Desterrado de España con los jesuitas españoles por el Decreto de Expulsión de 1767, pasó a Italia como “expulso” y allí se dedicó a las ciencias y al estudio y enseñanza de Medicina en Ferrara, donde se doctoró y publicó una tragedia, “Ionathas”, en 1775. Posteriormente fue trasladado a Bolonia, donde al igual que había ocurrido en España, su prestigio de médico le proporcionó excelentes relaciones, encontrándose entre ellas monseñor Saliceli, médico del Papa y célebre profesor, pero Clavera era un personaje polifacético y gran publicista, a lo que se sumaría su perfil de prolífico escritor, como así lo demuestra L. Hervás y Panduro que intentó esclarecer la autoría de muchos de sus trabajos pues los dio a la luz con distintos seudónimos que serían puestos de relieve por Augustin de Backer en “Bibliotheque des escrivains de la Compagnie de Jésus” (1869) figurando en sus obras como: “Joaquín Larruy; Padre Pedro Ansalona; Padre Constancio Arsonio; Andrés Rami” , lo que explicaría que muchos de sus trabajos sean desconocidos, si bien Aguilar Piñal en su “Bibliografía de autores españoles del siglo XVIII, vol II Madrid CESIC” reseña más de treinta obras de este Capellense, que publicó interesantes obras de temas médicos y espirituales en castellano e italiano, lenguas que alternó a lo largo de su vida, poniendo en ellas las dos facetas que fueron constantes de su personalidad: vocación religiosa y médico estudioso.
En el aspecto religioso resultan de especial interés las ediciones tanto latina como castellana de los escritos de fray José de San Benito, o la devota novena a la Inmaculada Concepción, y como cirujano y naturalista, demostró José Francisco Clavera una muy buena y gran información acerca de la ciencia médica de su momento, pudiendo asegurar que sus trabajos corresponden a una línea que se podría definir como ilustrada, quedando demostrada en su “Observaciones físicas, médicas y botánicas” , “Tratado de fiebre ética y física”, “ Nueva razón de la medicina práctica” y en la línea del naturalismo terapéutico su “Disertación sobre varias fuentes y otras pertenecientes a la historia natural y médica, no solamente del Reino de Aragón, sino de otros Reinos”.
Este médico, antiguo alumno sertoriano, fue defensor de fray Solano de Luque, médico que alcanzó merecida fama en la Europa de la época, al estudiar el significado y su diagnóstico de las perturbaciones del pulso, dando a la luz su obra en Ferrara en 1773 titulada “Descubrimiento y máximas de Solano de Luque, médico español”, obra que forma parte de un elevado número de textos dedicados a polemizar sobre la conveniencia o no de seguir la doctrina del pulso, que en el fondo enfrentaría a numerosos partidarios de la medicina no escolástica, basada en la clínica, con los que eran seguidores de una forma inflexible del mantenimiento de la medicina fundamentada en los viejos textos galénicos. Dentro de esta polémica y enfrentamiento, Jose Francisco Clavera Oncins añadiría su opinión con “Nueva razón de la medicina práctica” publicada en Venecia en 1775 , mas una serie de varios opúsculos relativos a determinados tipos de fiebres endémicas, trabajos que. Completarían con el resto de publicaciones, los más significativo de la obra científica de este Sertoriano.
Ordenado presbítero poco antes de su muerte acaecida en Bolonia en julio de 1788, dejó una biblioteca que sobrepasaba los diez mil volúmenes.